Sulla fondazione della domus, le Case Romane sotto la Basilica, in cui i fratelli soldati Giovanni e Paolo furono martirizzati al tempo dell’Imperatore Giuliano l’Apostata (+ 363), fu costruito prima un oratorio e poi una basilica.

Accanto ad essa, c’era anche un edificio per offrire ospitalità ai devoti del culto dei martiri e per alloggiare coloro che si sarebbero presi cura degli edifici sacri.

Tuttavia, ci sono poche informazioni sugli edifici e i loro custodi fino all’anno 1000 circa. Sappiamo che la prima dimora religiosa fu costruita accanto alla basilica sul lato settentrionale, di cui rimangono pochissime tracce perché venne incorporata in edifici e strutture successive della Basilica.

La documentazione è più affidabile dopo il 1118 quando fu completata la ricostruzione e l’espansione del monastero che alla fine si sviluppò. Si estendeva verso il campanile e utilizzava le possenti sottostrutture del Claudianum (i rudimenti del Tempio di Claudio).

Il Titolare, il Cardinale Teobaldo, intraprese questo lavoro al tempo di Papa Pasquale II (1099-1118). La Basilica e il monastero, infatti, erano stati gravemente danneggiati dal saccheggio compiuto dalle milizie di Roberto il Guiscardo nel 1084.

I cambiamenti stilistici, in stile cistercense, e la giurisdizione del clero della basilica era sotto l’Abbazia di Casamari. Forniscono preziose informazioni sulla comunità monastica che risiedeva qui. Nel XV secolo, un periodo di grave declino per la città, la basilica e il monastero caddero in grave stato di abbandono.

I monaci superstiti furono impotenti a salvare la basilica e il monastero dalla rovina.

Il Titolare, il Cardinale Latino Orsini, sostituì i monaci con i frati Gesuati del Beato Giovanni Colombini da Siena.
Il beato Antonio Bettini (+1487), fondò e resse la prima comunità al Celio. I Gesuati vi risiedettero dal 1454 al 1668. Vi svolsero quelle attività tipiche del loro movimento (poi divenuto Ordine), e cioè l’assistenza e le opere di carità per i più poveri e bisognosi, specialmente in occasione di pestilenze e carestie (Venivano chiamati i “Padri dell’acquavite”, per la soluzione da loro confezionata che veniva usata come disinfettante e aromatizzante).

Tra il 1624 – 1630 la comunità era composta da ben 50 religiosi. Il monastero era composto da due cortili, un orto, un giardino, due pozzi e una cisterna, più altre adiacenze di terreni e case avute in dotazione.

Dal 1668 al 1671 sembra che vi abbiamo abitato le Monache Filippine. Poi dal 1671/2 al 1697 i PP. Domenicani inglesi. I Gesuati erano stati soppressi nel 1668 da Clemente IX. Vi restarono pochissimi padri che sopravvissero fino all’arrivo dei Lazzaristi (1697 – 1773).

I Domenicani inglesi furono chiamati ai Ss. Giovanni e Paolo dal cardinale Filippo T. Howard di Norfolk O.P. (+ Roma, 17 giugno 1694), per fondarvi un collegio, ma non se ne fece nulla. Howard apportò dei notevoli cambiamenti agli edifici monastici, specialmente nella zona dell’attuale portineria.

Innocenzo XII, Pignatelli, donava quindi i Ss.Giovanni e Paolo ai figli di S.Vincenzo de’ Paoli, chiamati Lazzaristi o Padri della Missione, «per allevarne i giovani studenti seminaristi – per tenervi il noviziato e per altre funzioni, quali richiedono maggiore ritiratezza».

La casa includeva anche giardini e buone rendite per assicurare la vita della comunità composta soprattutto da religiosi di prima formazione e garantire il servizio alla basilica e agli esercitanti che vi si ritiravano. All’inizio la comunità includeva 19 religiosi (sacerdoti, studenti, religiosi fratelli).

Finalmente nel 1773 vi giunsero i Passionisti, poiché i PP. Lazzaristi avevano optato, dopo la soppressione della Compagnia di Gesù, per la sede di Sant’Andrea al Quirinale, da cui poi vennero trasferiti a San Silvestro al Quirinale.

Il 9 dicembre del 1773, dunque, Paolo della Croce, insieme ai religiosi, 17 in tutto, che in precedenza risiedevano nell’ospizio del ss. Crocifisso (situato sul lato sinistro di via S. Giovanni in Laterano, poco prima di sfociare sulla piazza omonima), presero possesso del vetusto edificio e iniziarono immediatamente a seguire l’orario comunitario secondo le Regole dell’Istituto.

Oltre al servizio della basilica e all’accoglienza degli esercitanti, i religiosi della comunità celimontana si dedicarono al servizio dell’intera congregazione in quanto casa generalizia. Ma non trascurarono la predicazione, sia in città che nei paesi dell’agro romano, e prestarono servizio anche al vicino ospedale di San Giovanni. Dovunque molto richiesti, sempre stimati ed apprezzati.