Sobre a fundação da domus, as Casas Romanas sob a Basílica, onde os irmãos soldados João e Paulo foram martirizados no tempo do Imperador Juliano, o Apóstata (+363), foi construído primeiro um oratório e depois uma basílica.

Junto a ela, havia também um edifício para oferecer hospitalidade aos devotos do culto dos mártires e para alojar aqueles que cuidariam dos edifícios sagrados.

No entanto, há poucas informações sobre os edifícios e os seus guardiões até por volta do ano 1000. Sabemos que a primeira residência religiosa foi construída junto à basílica no lado norte, da qual restam pouquíssimos vestígios porque foi incorporada em edifícios e estruturas posteriores da Basílica.

A documentação é mais fiável após 1118, quando foi concluída a reconstrução e expansão do mosteiro que acabou por se desenvolver. Estendia-se em direção ao campanário e utilizava as poderosas subestruturas do Claudianum (os rudimentos do Templo de Cláudio).

O Titular, o Cardeal Teobaldo, empreendeu este trabalho no tempo do Papa Pascoal II (1099-1118). A Basílica e o mosteiro, de facto, tinham sido gravemente danificados pelo saque perpetrado pelas milícias de Roberto, o Guiscardo em 1084.

As alterações estilísticas, em estilo cisterciense, e a jurisdição do clero da basílica estava sob a Abadia de Casamari. Fornecem informações preciosas sobre a comunidade monástica que residia aqui. No século XV, um período de grave declínio para a cidade, a basílica e o mosteiro caíram em grave estado de abandono.

Os monges sobreviventes foram impotentes para salvar a basílica e o mosteiro da ruína.

O Titular, o Cardeal Latino Orsini, substituiu os monges pelos frades Jesuatos do Beato Giovanni Colombini de Siena.
O beato António Bettini (+1487), fundou e dirigiu a primeira comunidade no Célio. Os Jesuatos residiram lá de 1454 a 1668. Aí desenvolveram as atividades típicas do seu movimento (posteriormente tornado Ordem), ou seja, a assistência e as obras de caridade para os mais pobres e necessitados, especialmente por ocasião de pestes e fomes (Eram chamados os “Padres da aguardente”, pela solução por eles preparada que era usada como desinfetante e aromatizante).

Entre 1624 – 1630, a comunidade era composta por 50 religiosos. O mosteiro era composto por dois pátios, uma horta, um jardim, dois poços e uma cisterna, além de outras adjacências de terrenos e casas recebidas em dotação.

De 1668 a 1671, parece que aí habitaram as Monjas Filipinas. Depois, de 1671/2 a 1697, os PP. Dominicanos ingleses. Os Jesuatos haviam sido suprimidos em 1668 por Clemente IX. Restaram pouquíssimos padres que sobreviveram até à chegada dos Lazaristas (1697 – 1773).

Os Dominicanos ingleses foram chamados aos SS. João e Paulo pelo cardeal Filipe T. Howard de Norfolk O.P. (+ Roma, 17 de junho de 1694), para aí fundarem um colégio, mas nada se concretizou. Howard introduziu notáveis alterações nos edifícios monásticos, especialmente na zona da atual portaria.

Inocêncio XII, Pignatelli, doou então os SS. João e Paulo aos filhos de S. Vicente de Paulo, chamados Lazaristas ou Padres da Missão, «para aí educarem os jovens estudantes seminaristas – para terem o noviciado e para outras funções, que requerem maior recolhimento».

A casa incluía também jardins e bons rendimentos para assegurar a vida da comunidade composta sobretudo por religiosos em formação inicial e garantir o serviço à basílica e aos exercitantes que aí se retiravam. No início, a comunidade incluía 19 religiosos (sacerdotes, estudantes, irmãos religiosos).

Finalmente, em 1773 chegaram os Passionistas, uma vez que os PP. Lazaristas tinham optado, após a supressão da Companhia de Jesus, pela sede de Santo André no Quirinal, de onde foram posteriormente transferidos para São Silvestre no Quirinal.

A 9 de dezembro de 1773, portanto, Paulo da Cruz, juntamente com os religiosos, 17 no total, que anteriormente residiam no hospício do SS. Crucifixo (situado no lado esquerdo da via S. João de Latrão, pouco antes de desembocar na praça homónima), tomaram posse do antigo edifício e começaram imediatamente a seguir o horário comunitário segundo as Regras do Instituto.

Para além do serviço da basílica e do acolhimento dos exercitantes, os religiosos da comunidade celimontana dedicaram-se ao serviço de toda a congregação enquanto casa generalícia. Mas não negligenciaram a pregação, tanto na cidade como nas aldeias do agro romano, e prestaram serviço também no hospital vizinho de São João. Por toda a parte muito requisitados, sempre estimados e apreciados.