Sulla domus, nei cui sotterranei vennero trucidati i fratelli cristiani Giovanni e Paolo al tempo di Giuliano l’Apostata (+ 363), vennero costruiti prima un oratorio e poi una basilica. Accanto ad essa sorse anche una abitazione per ospitare gli addetti al culto dei martiri e alla custodia degli edifici sacri. Sia degli edifici che dei custodi, probabilmente costituiti in canonicato, ignoriamo praticamente tutto fino a circa l’anno 1000. Sappiamo che la prima abitazione fu edificata a ridosso della basilica sul lato Nord, di cui restano pochissime tracce, mescolate con le strutture basilicali e le costruzioni successive. La documentazione si fa più sicura dopo il 1118 quando terminarono i lavori di ricostruzione e ampliamento del monastero che si sviluppò verso il campanile utilizzando le poderose sostruzioni del Claudianum. Opera voluta dal titolare, il cardinale Teobaldo, al tempo di papa Pasquale II (1099 – 1118). Basilica e monastero, infatti, erano stati gravemente danneggiati dal saccheggio delle milizie di Roberto il Guiscardo nel 1084. Le modifiche stilistiche, di stampo cistercense, e la giurisdizione del clero della basilica sull’ abbazia di Casamari, forniscono una indicazione preziosa per conoscere l’indirizzo monastico della comunità quivi residente. Nel secolo XV, periodo di grave decadenza per l’Urbe, basilica e monastero caddero in grave abbandono.
     I superstiti monaci, impotenti a salvare dallo sfacelo basilica ed abitazione, furono sostituiti, per opera del titolare, il cardinal Latino Orsini, dai frati Gesuati del beato senese Giovanni Colombini. Il beato Antonio Bettini (+1487), fondò e resse la prima comunità al Celio. I Gesuati vi risiedettero dal 1454 al 1668. Vi svolsero quelle attività tipiche del loro movimento (poi divenuto Ordine), e cioè l’assistenza e le opere di carità per i più poveri e bisognosi, specialmente in occasione di pestilenze e carestie (Venivano chiamati i “Padri dell’acquavite”, per la soluzione da loro confezionata che veniva usata come disinfettante e aromatizzante). Tra il 1624 – 1630 la comunità era composta da ben 50 religiosi. Il monastero era composto da due cortili, un orto, un giardino, due pozzi e una cisterna, più altre adiacenze di terreni e case avute in dotazione.
     Dal 1668 al 1671 sembra che vi abbiamo abitato le Monache Filippine. Poi dal 1671/2 al 1697 i PP. Domenicani inglesi. I Gesuati erano stati soppressi nel 1668 da Clemente IX. Vi restarono pochissimi padri che sopravvissero fino all’arrivo dei Lazzaristi (1697 – 1773).
     I Domenicani inglesi furono chiamati ai Ss. Giovanni e Paolo dal cardinale Filippo T. Howard di Norfolk O.P. (+ Roma, 17 giugno 1694), per fondarvi un collegio, ma non se ne fece nulla. Howard apportò dei notevoli cambiamenti agli edifici monastici, specialmente nella zona dell’attuale portineria.
     Innocenzo XII, Pignatelli, donava quindi i Ss.Giovanni e Paolo ai figli di s.Vincenzo de’ Paoli, chiamati Lazzaristi o Padri della Missione, «per allevarne i giovani studenti seminaristi – per tenervi il noviziato e per altre funzioni, quali richiedono maggiore ritiratezza». La casa includeva anche giardini e buone rendite per assicurare la vita della comunità composta soprattutto da religiosi di prima formazione e garantire il servizio alla basilica e agli esercitanti che vi si ritiravano. All’inizio la comunità includeva 19 religiosi (sacerdoti, studenti, religiosi fratelli).
     Finalmente nel 1773 vi giunsero i Passionisti, poiché i PP. Lazzaristi avevano optato, dopo la soppressione della Compagnia di Gesù, per la sede di Sant’Andrea al Quirinale, da cui poi vennero trasferiti a San Silvestro al Quirinale.
     Il 9 dicembre del 1773, dunque, Paolo della Croce, insieme ai religiosi, 17 in tutto, che in precedenza risiedevano nell’ospizio del ss. Crocifisso (situato sul lato sinistro di via S. Giovanni in Laterano, poco prima di sfociare sulla piazza omonima), presero possesso del vetusto edificio e iniziarono immediatamente a seguire l’orario comunitario secondo le Regole dell’Istituto.
     Oltre al servizio della basilica e all’accoglienza degli esercitanti, i religiosi della comunità celimontana si dedicarono al servizio dell’intera congregazione in quanto casa generalizia. Ma non trascurarono la predicazione, sia in città che nei paesi dell’agro romano, e prestarono servizio anche al vicino ospedale di San Giovanni. Dovunque molto richiesti, sempre stimati ed apprezzati.